药学系建系70年来，各专业教学条件完善，专业特色显明，为全国医药系统输送了大量药学类高素质人才，在医药行业享有较高评价，为推动医药事业的发展做出了突出贡献。现开设有药学专业、中药学专业、药品生产技术专业、药品服务与管理专业、药品质量与安全专业、药品经营与管理等6个高职专业。其中药学专业是国家级骨干专业，自治区级优势特色建设专业，自治区级示范特色专业及实训基地建设点，自治区级专业发展研究基地，获中央财政支持高等职业学校提升专业服务产业发展能力专项项目，被教育部、国家卫计委、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局共同确认为首批全国健康服务类示范专业建设点。

近几年来，药学系学生在省级以上技能比赛成绩突出，先后共获得一等奖10名、二等奖5名、三等奖7名。其中：国赛连续两年获一等奖，省赛连续四年包揽一等奖。